宁波港的硝烟尚未散尽，破损的福船歪斜地停靠在岸边，工匠们敲击船体的声音在港口回荡。林远擦拭着手臂上的伤口，望着堆积如山的物资转运记录，心中却愈发沉重——尽管成功转移七成物资，但那场蹊跷的漕船起火事件，始终像根刺扎在他心头。更令人不安的是，王如龙在战后清点时发现，宁波卫所的航海日志竟不翼而飞。
“掌柜，暗影小组在陈记商行的密账里发现了端倪。”苏婉娘深夜闯入指挥部，手中的账本边缘还残留着火烧的焦痕，“他们三个月前突然购入大量桐油和松香，交易对象竟是个日本商人。”林远展开泛黄的账册，目光锁定在一行小字上：“八月十五，密会倭商‘山田’，付银五百两。”联想到起火漕船的润滑油被人做了手脚，他的指节捏得发白。
次日清晨，林远带着锦衣卫包围了陈记商行。在后院密室中，他们搜出了用墨鱼汁书写的密信，显影后赫然写着：“已得齿轮装置草图，待倭寇攻城，里应外合。”而商行老板陈万贯的书房暗格里，藏着一份标注着“大明新式战船构造”的图纸——虽然线条粗糙，但关键的齿轮联动系统和旋转炮台结构却描绘得有模有样。
“这些图纸从何而来？”林远将图纸甩在陈万贯面前。商人瘫坐在地，面如死灰：“是...是山田大人许诺，只要我提供情报，战后封我做宁波港主...”审讯持续到深夜，陈万贯交代，倭寇此次进犯不仅为劫掠物资，更重要的是窃取大明的航海与造船技术。他们早已买通港口多个势力，甚至在物流学堂安插了眼线。
消息传回京城，朝堂一片哗然。万历皇帝下旨：“若技术外泄，严办相关人等！”张居正连夜修书林远：“倭寇若掌握齿轮传动与火器改良之法，东南海防危矣！”林远深知，必须赶在倭寇将情报送回日本前，截断泄密渠道。
他立即采取三重措施：首先，封锁所有沿海港口，严查过往船只；其次，召回物流学堂所有外出工匠，对核心技术人员实施隔离审查；最后，派遣暗影小组潜入日本九州岛，追踪情报传递路线。但行动刚开始，就遭遇重重阻碍——在舟山群岛拦截的一艘商船中，锦衣卫只发现了几箱普通货物，却不见任何图纸。
“他们肯定用了特殊手段传递情报。”林远盯着从陈万贯处搜出的墨鱼汁密信，突然想起物流学堂曾研究过“微缩文字”技术。他命算术班弟子连夜排查，果然在商船货物的竹制标签上，发现了用显微镜才能看清的小字：“情报已交琉球中转站，速派快船接应。”
与此同时，留守宁波的王如龙传来急报：有一队伪装成渔民的倭寇，携带密封竹筒试图突破防线。林远亲自带队拦截，在甬江入海口展开激烈追逐。当倭寇船只被炮火击中，一名武士跳海前将竹筒塞进嘴里，林远果断下令放箭。箭矢穿透武士咽喉的瞬间，竹筒坠入水中，锦衣卫潜水打捞上来时，发现里面竟是用薄如蝉翼的绢布绘制的齿轮装置分解图。
然而，危机并未解除。暗影小组从琉球传回密报：倭寇在当地的据点已启用信鸽传递情报，且航线经过葡萄牙控制的马六甲海峡，难以拦截。林远陷入沉思，突然想起毛海峰曾说过，五峰船团在琉球海域设有“听风站”——由经验丰富的水手监听海上动静，通过特殊的海螺号声传递信息。
他立刻与毛海峰商议，在信鸽必经之路上设下天罗地网。五峰船团的快船伪装成商船，甲板下暗藏捕鸟网；物流学堂则改良了弩机，加装瞄准镜和连发装置。三日后，当信鸽群掠过海面时，弩箭破空而出，捕鸟网如乌云般笼罩天空。最终，锦衣卫在一只信鸽的腿上，发现了加密的情报纸条。
破译工作由物流学堂最顶尖的算术师负责。他们发现倭寇采用了葡萄牙人的密码体系，将图纸转化为数字代码。经过两天两夜的推算，众人惊觉情报中不仅包含战船技术，还有宁波港的布防图，甚至海运联盟与五峰船团的合作细节。林远冷汗直流——若这些情报送达日本，后果不堪设想。
就在此时，苏婉娘神色匆匆送来新线索：“掌柜，物流学堂的杂役老周失踪了，他曾接触过齿轮装置的组装！”林远立即调集人手搜索，最终在港口的废弃船舱里发现了昏迷的老周，他身旁散落着未写完的图纸。原来老周察觉有人跟踪，为保护技术，将图纸吞入腹中，却遭倭寇袭击。
深夜，林远站在物流监查司的屋顶，望着港口巡逻的灯火。海风掠过他身后的“国之柱石”牌匾，发出呜咽般的声响。苏婉娘抱着新截获的密信走来：“倭寇改变策略，准备派忍者潜入泉州海军学堂...”话音未落，远处突然响起急促的警报声，林远握紧腰间令牌，朝着声音传来的方向奔去，夜色中的港口，新一轮的较量已经拉开帷幕。