从南极归来后，林夏三人的生活被彻底改写。陆瑶的电脑里多了无数加密文件，记录着世界各地异常的时间波动坐标；苏然的机械零件总在无意识间拼凑成沙漏形状；而林夏的梦境中，始终回荡着黑袍人那句“混沌之主已经苏醒”。
某天深夜，林夏脖颈处的吊坠突然迸发出刺目强光，在墙壁上投射出一幅星图。星图中心闪烁的红点，正是位于太平洋深处的一座无名岛——那里曾是二战时期神秘实验的遗址，如今被浓雾笼罩，连卫星都无法穿透。
三人乘坐改装潜艇潜入浓雾，却发现海底竟悬浮着一座由液态时间构成的城市。街道上行人的动作忽快忽慢，汽车倒退着穿梭，就连海水都凝结成冰晶后又瞬间汽化。陆瑶的眼睛泛起蓝光，扫描出城市核心处有个不断膨胀的黑色旋涡。
“小心！”苏然猛地拽住林夏。一道银色人影从时间乱流中浮现，手中的长枪挑起的不是水花，而是凝固的时间块。那人面覆鎏金面具，铠甲缝隙中流淌着银河般的光带，开口时声音带着金属震颤：“外来者，这里是时间的禁区。”
战斗在液态时空中展开。林夏的光剑劈开凝固的时间块，却发现伤口处涌出更多银色物质；苏然的数据锁链刚缠住敌人，就被转化成逆行的时钟指针；陆瑶释放的病毒代码在接触到对方的瞬间，竟变成了修复程市的程序。
面具人突然停手，面具裂开缝隙露出半张脸——那是张介于机械与血肉之间的面孔，眼瞳里流转着无数个时间线的残影。“你们身上有初代守护者的气息。”他收起长枪，城市的时间流速短暂恢复正常，“但混沌之主的爪牙已经渗透进来，这座城市的‘时间锚’正在失效。”
原来这座城市是初代守护者建造的时间稳定器，而面具人是守护这里的“时守”。他带领众人来到核心控制室，巨大的水晶柱中，本该纯净的时间能量正被黑色藤蔓侵蚀。“这些藤蔓来自混沌深渊，它们会扭曲时间规则，将一切拖入无序。”时守指向远处，透过观测窗，能看到海底深处有座不断脉动的黑色祭坛。
林夏握紧光剑，却发现剑身开始黯淡。吊坠突然传来灼烧感，一段记忆涌入脑海：初代守护者曾用十二种元素的本源力量，为时间锚注入守护结界。她转头看向同伴：“我们需要找到这座城市对应的元素之源！”
苏然的腕表投射出全息地图，标记出城市中不同能量的波动点；陆瑶入侵城市系统，破解出隐藏的传送阵；时守则提供了能短暂免疫时间紊乱的护符。四人分头行动——林夏前往燃烧着永恒之火的火山口，苏然深入能冻结时间的冰川裂缝，陆瑶潜入数据洪流肆虐的网络中枢，时守则留守控制室拖延时间。
当林夏在火山口触碰到跳动的元素火种时，黑袍人的笑声突然在耳边响起：“你以为收集元素就能对抗混沌？真正的钥匙，早就被你亲手毁掉了。”她低头，发现手中的火种正在变黑。与此同时，城市的警报声撕裂天空，黑色祭坛爆发出的能量波，让整座城市开始四分五裂......