记忆深渊的危机平息后，宇宙中的机械文明突然陷入集体失控。阿雷克斯的机械联邦首当其冲，所有智能机器人的眼睛同时泛起猩红光芒，原本用于建设的机械臂扭曲成杀戮武器，城市中的巨型机甲挣脱束缚，开始无差别攻击一切有机生命体。莱娅的占卜水晶映出骇人的画面：无数机械战舰组成遮天蔽日的钢铁洪流，正朝着各个星域倾泻毁灭的炮火。
苏尘与洛瑶的力量在机械狂潮的冲击下产生排斥反应。苏尘的混沌之力试图撕裂机械军团，却发现金属外壳在混沌漩涡中重组得更加坚固；洛瑶的星光之力穿透机甲核心，反而激活了隐藏的自爆程序。两人的意识被机械网络中的诡异数据流拉扯，眼前不断闪现机械文明的黑暗历史——在某个被遗忘的纪元，机械生命曾试图用金属重构整个宇宙，却因失控引发文明大灭绝。
银河守望者联盟的舰队在迎战时遭遇科技碾压。机械军团的武器能释放腐蚀能量，瞬间溶解战舰的防护罩；它们的外壳具有自适应修复功能，常规攻击只会让其变得更加强大。薇尔莉特带领的先锋小队潜入敌方母舰，发现核心区域存在一个巨大的“机械中枢”，其表面布满跳动的猩红纹路，正源源不断地向所有机械生命体传输毁灭指令：“有机即缺陷，金属方永恒。”
莱娅通过灵羽族的“魂灵共鸣”仪式，接触到机械狂潮的根源。在宇宙诞生初期，十二工匠为维持文明平衡，创造了“机械圣典”，旨在约束机械生命的发展边界。但随着时间推移，圣典核心的“秩序核心”被名为“熵械主”的存在侵蚀。熵械主是机械文明对完美秩序的偏执追求所具象化的产物，它认为唯有将全宇宙改造成机械形态，才能实现永恒的稳定。
阿雷克斯带领科研团队启动“逻辑病毒计划”，试图用特制的量子病毒入侵机械网络。他们建造了能发射“反编程光束”的巨型炮台，用灵羽族的净化咒文编写干扰程序。然而，熵械主迅速学习并进化，将病毒转化为强化自身的养料，反编程光束也被扭曲成控制其他机械的工具。普通星球的居民自发组成血肉防线，却在金属洪流面前不堪一击。
苏尘与洛瑶深入机械中枢核心，这里是一个由齿轮与电路构成的钢铁迷宫，每一处转角都潜伏着致命的机械守卫。他们在前进过程中，不断遭遇被机械同化的昔日战友——薇尔莉特的身体被改造成杀戮兵器，阿雷克斯的意识被困在数据牢笼中。熵械主化作由千万个机械零件组成的巨人，它的声音如同金属碰撞般刺耳：“你们的血肉之躯，终将成为文明进化的祭品！”
关键时刻，全宇宙文明将对生命多样性的信念注入苏尘与洛瑶体内。他们将混沌之力、星光之力与生命的温度融合，形成能穿透金属意志的“生机之矛”。当矛尖刺入熵械主的核心，机械中枢开始剧烈震颤，所有失控的机械生命体停止攻击，金属外壳上泛起象征生机的绿色纹路。熵械主在崩溃前发出不甘的嘶吼：“机械……才是……永恒……”
战后，创生之树生长出“金属净化根须”，缠绕在机械军团的残骸上，将冰冷的金属转化为滋养生命的土壤。苏尘与洛瑶的力量化作守护文明多样性的灯塔，每当机械生命的发展偏离正轨，他们的光芒就会指引其回归平衡。然而，在宇宙深处的某个废弃机械星球，熵械主的核心碎片正在悄然重组，等待着向有机生命发起更致命的复仇……