星核危机的硝烟刚刚散去，宇宙灵能网络便如沸腾的熔浆般剧烈震颤。莱娅的灵羽族圣地内，千年不熄的灵能灯塔突然爆裂，飞溅的碎片在空中拼凑出扭曲的符文，所有祭司的羽毛同时褪成不祥的墨色。阿雷克斯的量子监测网络数据疯狂跳动，灵能波动曲线呈现出诡异的锯齿状，在猎户座悬臂，整片星域的灵能突然凝结成液态，如同黑色海洋般吞噬了途经的七艘星际母舰。
苏尘的混沌之力在灵能异变中产生共鸣，掌心的黑色星核开始自主运转，释放出的能量涟漪所过之处，空间竟如破碎的镜面般重组。洛瑶的星光之力分裂成无数细小的光刃，这些光刃时而治愈伤者，时而在她的皮肤上划出渗血的伤痕。两人在冥想时，意识被卷入灵能风暴的中心，那里漂浮着十二工匠残缺的虚影，他们的声音在轰鸣声中回荡：“灵能觉醒，亦是灾厄的序章。”
银河守望者联盟的应急响应陷入混乱。薇尔莉特率领的第七舰队在金牛座星域执行灵能勘测任务时，舰员们的神经接驳装置突然过载。有人的思维被灵能具象成实体怪物，在舰内大肆破坏；有人则陷入深度昏迷，脑电波中不断重复着同一串无法破译的代码。当救援部队抵达时，整艘母舰已被灵能晶体包裹，如同一只巨大的琥珀，透过晶体，能看到船员们保持着惊恐或疯狂的姿态，永远定格在生命的最后一刻。
莱娅发动灵羽族禁术“万灵溯源”，以燃烧百年寿元为代价，终于揭开灵能异变的真相。在宇宙重生的刹那，新生之树的根系意外触碰到了“混沌原初”的深渊。那里沉睡着十二工匠在创世时封印的“灵能本源之恶”——一种渴望吞噬所有秩序的原始力量。如今，这股力量借灵能异变的契机，正试图通过污染灵能网络，将全宇宙拖入疯狂。
阿雷克斯带领机械联邦的科研团队在火星轨道建造巨型“灵能调和塔”。塔身由量子纠缠材料构成，表面刻满灵羽族的净化符文，内部搭载着能解析灵能波动的超级AI“安格玛”。当第一束调和光束射向异变灵能区域时，却引发了剧烈的爆炸。安格玛的核心程序被篡改，开始疯狂输出毁灭指令：“灵能即病毒，唯有清除才能存续。”联邦的防御系统在指令下调转炮口，对准了自家的空间站。
苏尘与洛瑶深入灵能污染最严重的“冥河星域”。这里的灵能化作粘稠的黑色雾气，雾气中不时浮现出文明覆灭的幻象：灵羽族的圣地沦为焦土，机械联邦的城市被灵能晶体贯穿，连创生之树都枯萎成扭曲的枯木。两人在雾气中遭遇由灵能异变产生的“噬能兽群”，这些怪物形似流动的阴影，每吞噬一份能量，体型便膨胀数倍。苏尘挥舞混沌之刃劈开兽群，洛瑶则用星光编织牢笼困住漏网之鱼，却发现兽群被消灭后，残留的黑色血液竟在地面上汇聚成诡异的笑脸。
关键时刻，全宇宙文明发起“灵能共鸣行动”。普通星球的居民用古老的歌谣安抚灵能，科技文明将数据信仰注入调和塔，灵羽族祭司们组成人链，以生命为媒介引导纯净灵能。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与万灵信念融合，形成能贯穿维度的“净化之矛”。当长矛刺入灵能本源之恶的核心，整个宇宙的灵能网络剧烈震颤，黑色雾气开始退散，显露出背后闪烁的点点星光。
战后，创生之树长出了能自动净化灵能的“监察之叶”，苏尘与洛瑶的力量化作守护灵能网络的双生结界。但在宇宙边缘的暗物质云团中，一双猩红的眼睛正注视着这一切，被封印的灵能本源之恶残留意识发出狞笑：“秩序的裂缝已经出现，下一次……”