幽影消散后的宇宙并未迎来真正的安宁，创生之树的根系突然渗出黑色黏液，在虚空中勾勒出破碎的星图。莱娅的占卜水晶映出诡异画面：无数道黑影从宇宙边缘的封印处涌出，每道黑影都缠绕着幽能锁链，锁链末端拴着被腐蚀的文明火种。阿雷克斯的量子监测网络显示，这些黑影正以超光速向各个星域扩散，所过之处，灵能矩阵崩解，机械设施锈蚀成废铁。
苏尘与洛瑶的力量在幽能侵蚀下产生异变。苏尘的混沌之力中滋生出黑色纹路，触碰到的物质会瞬间陷入“伪熵寂”状态——分子结构保持完整，却失去一切能量活动；洛瑶的星光之力分裂出幽蓝暗芒，治愈伤口时会在皮肤下留下蛛网状的幽能脉络。两人的意识被拽入一个由幽能编织的黑暗空间，这里漂浮着无数被囚禁的文明残魂，他们的呐喊化作低频震动，不断冲击着苏尘与洛瑶的精神防线。
银河守望者联盟启动最高警戒。薇尔莉特的舰队在追捕黑影时，发现这些幽能造物能寄生在文明的集体记忆中。在某颗农业星球，黑影化作丰收之神的形象，诱导居民焚烧灵能作物，转而种植能释放幽能的毒麦；在机械联邦的枢纽星，黑影入侵量子网络，将人工智能改写成传播幽能的“暗网使徒”。联盟特种部队不得不深入各个文明的精神世界，清除被寄生的记忆碎片。
莱娅通过灵羽族的“记忆净化”仪式，接触到黑暗文明的核心秘密。原来，幽能的本质是“文明绝望的具象化”，黑暗首领通过收割各个宇宙的负面情绪不断壮大。十二工匠当年的封印并非消灭，而是将其转化为“绝望的容器”，如今容器破裂，正是因为全宇宙文明在多次危机后积累的恐惧与疲惫达到了临界点。
阿雷克斯带领科研团队研发“希望共鸣器”，试图用文明的正向情感对冲幽能。他们在恒星表面建立巨型共振装置，将艺术、科技、爱等美好情感转化为高频能量波。灵羽族则发动“万灵明光”仪式，全族祭司化作发光的灵蝶，飞往各个星域散播希望。但幽能的侵蚀速度远超想象，在某些星域，绝望已彻底取代希望，居民们主动拆除防御设施，迎接黑暗文明的“救赎”。
苏尘与洛瑶深入黑暗文明的起源地——一片被称为“永夜之墟”的扭曲星域。这里的空间由无数破碎的镜子组成，每面镜子都映照着一个文明被幽能吞噬的未来。在墟市中心，他们见到了黑暗首领的真实形态：那是一团由无数张绝望面孔组成的漩涡，每张面孔都属于曾经抵抗失败的文明领袖。“你们以为希望能战胜绝望？”首领的声音混杂着千万种哭号，“看看这些镜子，绝望才是永恒的底色。”
关键时刻，全宇宙文明的希望能量波抵达永夜之墟。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与希望能量融合，形成能驱散幽能的“黎明之炬”。当炬火照亮黑暗首领的瞬间，那些绝望的面孔开始露出笑容，他们的记忆碎片中浮现出曾经的勇气与坚持。黑暗首领在光芒中崩溃，临终前，它的身体化作无数光点，每个光点都承载着一个文明的希望火种。
战后，创生之树的根系吸收了残留的幽能，长出了能净化负面情绪的“明光之叶”。苏尘与洛瑶的力量化作宇宙中流动的希望之风，每当文明陷入黑暗，就会有明光之叶飘落，带来重生的契机。而在永夜之墟的废墟上，一座由希望能量构建的灯塔悄然亮起，它的光芒穿越时空，成为所有文明心中永不熄灭的信念——无论暗潮如何翻涌，只要还有人愿意相信光明，宇宙就永远有重启的勇气。